Visi Program Studi Magister Matematika adalah “Menjadi program studi matematika tingkat lanjut yang mampu berperan aktif dalam pengembangan ilmu pengetahuan yang berwawasan lingkungan dan berdaya saing di Asia Tenggara”. Rumusan visi tersebut memiliki makna bahwa Prodi Magister Matematika FMIPA UNEJ dalam rangka pengembangan ilmu pengetahuan harus: (1) memperhatikan kelestarian lingkungan; (2) menghasilkan karya ilmiah dosen dan mahasiswa yang berkualitas dan berdaya saing di Asia Tenggara.

Dalam mewujudkan visi tersebut, Prodi Magister Matematika FMIPA UNEJ merumuskan misi sebagai berikut: 1) menyelenggarakan pembelajaran berkualitas, produktif, dan demokratis dengan pengelolaan yang akuntabel; 2) melaksanakan penelitian bidang matematika yang berwawasan lingkungan; 3) mengembangkan kemampuan berpikir matematis sesuai dengan tantangan dan perubahan lingkungan secara luas; 4) mengoptimalkan kapabilitas lembaga dan mengembangkan kerjasama kemitraan dengan institusi dalam dan luar negeri untuk pemberdayaan masyarakat; Sivitas akademika dan tenaga kependidikan Prodi Magister Matematika FMIPA UNEJ harus menjunjung tinggi nilai-nilai luhur bangsa dan melekatkannya dalam bentuk: bertaqwa pada Tuhan Yang Maha Esa; berakal budi dan bertanggung jawab; menguasai bidang ilmu yang dipelajari; percaya diri; investigatif; mandiri dan kritis; komunikator yang efektif; terbuka, adaptif terhadap perubahan, dan lingkungan kerja; pekerjasama yang handal; beretika, sadar lingkungan, baik lingkungan alam maupun lingkungan sosial; serta pembelajar reflektif sepanjang hayat.

Dalam mewujudkan misi yang telah diuraikan di atas, ditetapkan tujuan-tujuan operasional yang harus dicapai, yaitu: 1) menghasilkan lulusan yang berdaya saing, mampu berpikir kritis inovatifdan berkontribusi dalam menyelesaikan masalah riil di masyarakat; 2) menghasilkan dan mendiseminasikan karya-karya ilmiah matematika dan penerapannya yang bereputasi; 3) mewujudkan layanan akademik yang berkualitas dan memberikan layanan kepada masyarakat sesuai dengan kapabilitasnya.