Program studi (Prodi) Magister Matematika Jurusan Matematika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Jember (UNEJ) mulai diselenggarakan pada tahun 2009 berdasarkan SK Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional No. 1694/D/t/09 tanggal 17 September 2009 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Matematika (S2) pada Universitas Jember. Kemudian pada tahun 2013 Prodi Magister Matematika memperoleh akreditasi B berdasarkan SK BANPT No. 187/SK/BAN-PT/Ak-XI/M/IX/2013 tanggal 12 September 2013.
