Berdiri pada 2009, kali pertama diakrediasi Program Studi Magister Sains Matematika FMIPA Universitas Jember meraih akreditasi B.

Hasil visitasi tersebut tim asesor menyampaikan 5 hal rekomendasi yaitu
1. Pengembangan kompetensi Dosen, kebutuhan kompetensi untuk matematika sangatlah dinamis dan berkembang dengan pesat demikian juga dengan bahan-bahan kuliah juga harus up to date,
2. Update koleksi buku-buku matematika di perpustakaan,
3. Akses informasi untuk mahasiswa lebih terbuka, mahasiswa belajar tidak hanya di dalam kelas sehingga akses informasi tidak dibatasi guna menunjang mahasiswa untuk belajar mandiri,
4. Mengembangkan iklim akademik dengan menciptakan suasana akademik yang sudah terencana dan terjadwal serta komitmen bersama dan
5. Evaluasi diri perlu dirancang setiap tahunnya, ujar kedua assesor.

Dan dari hasil rekomendasi tersebut telah dipenuhi dengan adanya tenaga pengajar yang berkompeten (Doktoral dalam dan luar negeri), fasilitas ruang baca yang lengkap, full akses internet 24 jam, mengadaan computing riset: rstudio.unej.ac.id dan adanya program percepatan tesis.